基于基因表达值和基因本体论推导转录因子相互作用关系的方法

基于基因表达值和基因本体论推导转录因子相互作用关系的方法 Inducing Transcription Factor Interactions from Gene Expression and Gene Ontology 代超 DAI Chao 1 2 first-author 刘娟 LIU Juan 1 2 武汉大学计算机学院 武汉大学计算机学院 School of Computer,Wuhan University School of Computer,Wuhan University 武汉大学计算机学院,湖北,武汉,430072 武汉大学计算机学院,湖北,武汉,430072 提出将基因本体论（Gene Ontology）中的背景知识同基因表达值相结合,利用GeneRank算法思想来计算转录因子的重要性排名,再通过K2算法构建贝叶斯网络以刻画这些转录因子间关系的方法.将该方法用于细胞周期的一个基因表达数据集中,实验结果表明它不仅能发现许多转录因子间确知的关系,还可发现一些未知的关系. We propose to combine the gene expression data and Gene Ontology,to rank the transcription factors by their important degrees,and then construct a Bayesian network by using K2 algorithm to describe the interactions between them.The experiment results on the cell-cycle gene expression data show that the proposed method can not only detect some known interactions between transcription factors,but also discover some interactions that remain unknown yet. 转录因子 基因表达 贝叶斯网络 K2算法 相互作用 基因本体论 transcription factor gene expression Bayesian Network K2 algorithm interaction gene Ontology Q75 国家自然科学基金资助项目（60773010） 2008-03-01 2021-04-01 3