MrBayes（MC）<sup>3</sup>GPU算法的优化

暴洁; 夏宏举; 周剑夫; 王刚; 刘晓光

doi:10.14188/j.1671-8836.2012.02.006

您当前的位置：

首页 >

文章列表页 >

MrBayes（MC）³GPU算法的优化

计算机科学 | 更新时间：2021-04-02

- MrBayes（MC）³GPU算法的优化
- An Optimization of MrBayes（MC）³ on GPU
- 武汉大学学报（理学版） 2012年58卷第2期页码：157-164
- 作者机构：
  
  南开大学信息技术科学学院
- 作者简介：
- 基金信息：
  
  国家自然科学基金（60903028,61070014）资助项目;天津市科技支撑计划重点项目（11ZCKFGX01100）
- DOI：10.14188/j.1671-8836.2012.02.006
  中图分类号： Q111;TP391.41
- 纸质出版日期：2012-02-01，
- 稿件说明：
移动端阅览
[1]暴洁,夏宏举,周剑夫,王刚,刘晓光.MrBayes(MC)~3GPU算法的优化[J].武汉大学学报(理学版),2012,58(02):157-164.

BAO JIE, XIA HONGJU, ZHOU JIANFU, et al. An Optimization of MrBayes（MC）³ on GPU. [J]. 2012, 58(2): 157-164.
[1]暴洁,夏宏举,周剑夫,王刚,刘晓光.MrBayes(MC)~3GPU算法的优化[J].武汉大学学报(理学版),2012,58(02):157-164. DOI： 10.14188/j.1671-8836.2012.02.006.

BAO JIE, XIA HONGJU, ZHOU JIANFU, et al. An Optimization of MrBayes（MC）³ on GPU. [J]. 2012, 58(2): 157-164. DOI： 10.14188/j.1671-8836.2012.02.006.

摘要

为了进一步提高CPU-GPU协同贝叶斯种系发生算法n（MC）3的并发度

本文在n（MC）3算法基础上提出了优化算法

修改算法并行策略

重组计算次序

削弱相邻计算节点之间的依赖关系

增强GPU空闲单元的利用

实现了更高的加速比

显著提高了算法性能.

Abstract

MrBayes is a phylogenetic analysis program

which now is extensively used in phylogenetics.Considering the high parallelism of GPU（graphic process units）

Jianfu Zhou and others from Nankai University put forward a changed CPU-GPU collaborative algorithm of MrBayes

and have achieved wonderful result.In this thesis

we put forward an optimization algorithm of MrBayes on the basis of CPU-GPU collaborative algorithm above.By changing the algorithm and reorganizing the order of calculation

we improved speedup ratio and achieved better performance indeed.

关键词

种系发生贝叶斯CUDA流并发度

Keywords

phylogeneticsBayesCUDAstreamparallization

references

浏览量

136

下载量

CSCD

文章被引用时，请邮件提醒。

提交

工具集

关联资源

一种基于GPU的并行三维各向异性扩散的超声图像斑点噪声滤波算法

MrBayes（MC）3GPU算法的优化

An Optimization of MrBayes（MC）3 on GPU

DOI：10.14188/j.1671-8836.2012.02.006

摘要

Abstract

关键词

Keywords

references

MrBayes（MC）³GPU算法的优化

An Optimization of MrBayes（MC）³ on GPU